Разликата между обикновената и електронната фактура е единствено във формата, в която те се създават и съхраняват. Обикновената фактура се създава и съхранява върху хартиен носител, а електронната фактура се създава и съхранява в електонен формат - във вид на електронен файл.
По отношение на законовото им признаване и валидността им като първични счетоводни документи между двата вида фактури не съществуват никакви разлики.